Istana 2 bercerita tentang kisah zaman Dinasti Qing, dimasa pemerintahan Kaisar Yong Zheng.
Lian'er (Mabel Yuan) bertemu dengan pangeran ke 17 Yin LI (Du Chun) dan mereka memulai hubungan romantis. Namun pada saat mereka berencana untuk menikah, Yin Li terpaksa melepaskan Lian'er untuk menyelamatkan gurunya Alingga dan menikahi putri Alingga yang bernama Jia Jia.
Lian'er patah hati dan ingin meninggalkan istana dan menjalani kehidupan normal, tetapi dia mendapati dirinya terlibat dalam keadaan yang kompleks dimana pejabat Li Wei ingin mengajak aliansi dengannya, Kasim SU Pei Sheng ingin membalas kebaikannya, teman dekatnya Yu Shu mengkhianatinya.
Lian'er menyadari bahwa meskipun anggota rumah tangga Kekaisaran tampak rukun mereka sebenarnya terus menerus berkomplot satu sama lain, dan dia terjebak diantara fraksi-fraksi yang bersaing.
Secara kebetulan Lian'er menarik perhatian Kaisar Yong Zheng (Mickey He) naik pangkat menjadi Selir Xi dan ibu tiri dari putra Yong Zheng yang bernama Hong Li. Pada titik ini Lian'er menyadari bahwa dia sekarang berada dalam situasi yang lebih rumit dengan berbagai bahaya yang mengintai. Tetapi Lian'er memilih untuk tetap bertahan dan menjadi diri sendiri, percaya bahwa dia dapat mengatasi badai.
Akhirnya Lian'er berhasil mengatasi segala rintangan dan mendapatkan martabat dan rasa hormat yang layak dia dapatkan.
